1955年，中国民用航空乌鲁木齐管理处成立，标志着新中国民航事业在新疆起步。1985年，中国民用航空乌鲁木齐管理局、新疆航空公司成立，实行政企合一体制。2001年12月，根据中国民航体制改革要求，新疆航空公司与民航乌鲁木齐管理局分立，成为独立运作的市场主体。2002年10月11日，新疆航空公司加入中国南方航空集团公司。 截止到2013年5月3日，南航新疆分公司拥有世界上最为先进、安全、舒适的客机50架，其中b737－700客机23架，b757客机13架，e-190客机10架，b-777客机4架，（但是在2016年12月，b-2054的777光荣退役）b787-8一架，atr72客机现在没有运营了，在册飞机座位数6000多个；拥有中国西北地区“第一跨”101机库。