华电新疆发电有限公司前身为中国华电集团公司新疆分公司。2003年1月17日，根据国家“厂网分开”的电力体制改革精神，原新疆电力公司的部分发电企业移交中国华电集团公司，同年3月28日，中国华电集团新疆分公司正式成立。2006年6月28日，新疆分公司改制成为中国华电集团公司的全资子公司——华电新疆发电有限公司，负责华电集团公司在新疆地区发电资产的经营和管理，负责集团公司在新疆地区的发展规划、安全生产、市场营销、协调服务等工作。
在自治区和集团公司的正确领导下，新疆公司致力于服务社会经济发展大局，充分履行央企责任，树立了良好社会形象。目前，华电新疆公司已拥有发电、供热、煤炭、电力检修等多家企业，职工总数3711人，总装机规模400万千瓦，资产总额157亿元，年发电量194亿千瓦时。煤炭、风电、水电、光伏、燃机、供热、物流项目均实现“零”的突破，为自治区经济社会发展做出了重要贡献。
公司成立十年来，累计发电1164亿千瓦时，累计供热11650万吉焦，累计缴纳税金35亿元。圆满完成了十八大、亚欧博览会等各类重大保电任务，为维护社会稳定作出了积极贡献。
公司推进清洁生产、节能减排，单位发电量氮氧化物、烟尘、二氧化硫排放较成立之初分别下降37％、43％和88％，累计关停小火电机组7.3万千瓦，超额完成自治区下达的环保任务目标。率先在全疆开展火力发电企业脱硫、脱销技改工程，成为新疆电力行业“环保优先、生态立区”的典范。公司积极投身公益事业，捐资建设南疆应急电源、也拉曼水库等援疆项目，累计捐助资金3亿多元。投资新建阿克陶县“华电双语幼儿园”，让“真情援疆”落到实处，用“华电幸福行动”彰显华电大爱。
“十二五”时期是华电新疆公司全力打造一流能源公司的重要时期，公司将继续以科学发展观为指导、以华电旗帜为引领，积极响应国家节能减排政策和自治区优势资源转换战略，强化产业协同、优化发展质量，坚持走清洁、高效、经济、环保的绿色发展道路，努力把公司建设成为具有可持续发展能力和区域影响力的一流能源企业。